Pour l’année 2016-2017, les frais de scolarité pour le collège sont de 2 900 euros.
La scolarité bénéficie de réductions pour plusieurs enfants inscrits à Saint Joseph des Lys (primaire ou collège).
La scolarité payée par les familles ne couvre pas le coût réel de celle-ci, près de 20% sont financés par les dons.